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Akatsuki

Base das operações: País do Rio [Kawa No Kuni].
Classificação: Organização criminosa.
Membros aparentes: Uchiha Itachi, Hoshigaki Kisame, Orochimaru (Ex-membro), Sasori, Deidara, Zetsu, Tobi, Hidan, Kakuzu.

A organização é constituída por nove ninjas perigosos Rank-S (todos foram expulsos ou fugiram de seus vilarejos). Acredita-se que os membros dessa organização andem em duplas. Seu esconderijo secreto se localiza no País do Rio. Eles são ninjas poderosos e especialistas em espionagem.

Konoha Keimu Butai (Corporação da Policia Militar de Konoha)

Base das operações: Pais do Fogo [Hi No Kuni].
Classificação: Organização.
Membros aparentes: Uchiha Fugaku, Uchiha Yashiro, Uchiha Tekka, Uchiha Inabi.

Originalmente fundada pelos ancestrais do Clã Uchiha, a Corporação da Policia Militar de Konoha é responsável por manter a paz na cidade. Mas ela não existe mais, devido ao extermínio do clã pelo próprio membro, Uchiha Itachi.

Hospital de Konoha

Base das operações: Pais do Fogo [Hi No Kuni].
Classificação: Organização de saúde.
Membros aparentes: Kaori, Tsunade (Ela acompanha a maioria dos casos, envolvendo os genins da vila).

Servindo como ponto de recuperação da vila, o Hospital de Konoha ajuda ninjas ou civis que foram feridos e vivem no vilarejo.

ANBU (Ansatsu Senjutsu Tokushu Butai)

Base das operações: Vila da Folha.
Classificação: Organização.
Membros aparentes: Hatake Kakashi (Ex-Membro), Yamato, Uchiha Itachi (Ex-Membro), entre outros...

Equipe especial, eles estão sobre o comando direto do Hokage. Normalmente andam com uma máscara no rosto. A ANBU é especializada em investigar, questionar e torturar. A identidade de seus membros é mantida em segredo, utilizando apenas nomes falsos, como é o caso de Yamato.

ANBU Ne "Root"

Base das operações: Vila da Folha.
Classificação: Organização.
Membros aparentes: Danzou, Sai.

Há muito tempo atrás na vila de Konoha, enquanto a ANBU estava sendo controlada diretamente pelo Hokage, havia também um departamento de treinamento ANBU conhecido como Ne (Root, = Raiz), criado e comandado por Danzou. Como Danzou participava de muitas guerras e era totalmente oposto ao Sandaime, a ANBU Ne foi desfeita. {spoiler}Muitos membros ainda permanecem fiéis à Danzou, como Sai, substituto de Uchiha Sasuke no time 7.{spoiler}
Seus ideais são: "Em Ne você não tem nome, você não tem sentimentos. Você não tem passado, você não tem futuro. O que você tem, é a sua missão. Que suporta a grande árvore de Konoha, nossa organização é chamada Ne."